Tenho pensado muito nisso ultimamente, quando imaginei a linguagem/framework/ambiente de programação da "próxima geração". Os prompts são documentos de arquitetura e intenção. Eles precisam se tornar parte do código, como um rastreamento/comentário/metadado. Seja qual for o equivalente em IA a um resultado de "git blame", também.
Pull requests e issues do GitHub/JIRA são marcadores de processos humanos que por acaso estão relacionados ao código. Ferramentas de análise agética podem lidar bem com isso, mas provavelmente se beneficiariam de um formato mais próximo do código-fonte.